1941. aasta kevadel said kooli lõpetajad Viljandi II Keskkooli poolt välja antud tunnistuse. Sõjaaeg vajutas pitseri kogu koolielule. Kooli ruumidesse paigutati Saksa sõjaväe haigla.
1942. aasta algas kooliaasta 12. oktoobril, õppetunni pikkus oli 35 minutit. Koolis ei jätkunud õpikuid, vihikuid ja kirjutusvahendeid, raskusi oli kütte muretsemisega. Levisid nakkushaigused, eriti difteeria. Suvevaheajale mindi juba 8. mail. Kogu linna koolides toimus õppetöö lünklikult.1944. aasta septembris süütasid sakslased enne linnast lahkumist Uueveski 1 koolimaja.
Foto: Koolimaja peale tulekahju novembris 1944
1944/45 õppeaastat alustati alles novembris haridusseltsi majas teises vahetuses. Samal ajal alustati ka nn punase maja taastamistöödega. Õppetöö kõrval alustasid isetegevuse virgutamiseks tegevust kirjanduse-, muusika-, näite-, spordi- ja retoorikaringid. Õpilaskomitee eestvedamisel huviringide tegevus laienes. V. Tünder rajas õpilasorkesteri. 1940-ndate aastate lõpuks taastati järk-järgult koolimaja. Õppetingimused olid rasked nii materiaalselt kui vaimselt. Õppetöö korraldamisel tuli lähtuda ENSV haridussuunistest. Rohkearvulise õpilaste osavõtuga töötasid erinevad huviringid, leidsid aset paljud töökoosolekud. Õpilased võtsid aktiivselt ja tulemuslikult osa kõikvõimalikest kooli-, rajooni- ja ka vabariigitasemelistest võistlustest, konkurssidest ja olümpiaadidest.
1952. aastal muudeti kool segakooliks, siia asusid õppima ka tütarlapsed. See oli huvitav aeg. Kool võttis uue näo. Üritused ja ühised tantsuõhtud olid oodatud. Senini oli gümnaasiumi-haridust antud poistele ja tüdrukutele eraldi koolides.Traditsiooniliselt tegelesid õpilased kõige aktiivsemalt kergejõustiku, võimlemise, võrk-ja korvpalli ning suusatamisega. Treeningud toimusid nädalas 2-3 korda. Oma tulemustega olid õpilased vabariigi parimate hulgas.
Foto: Õpilased suundumas rattamatkale 1958
