1. septembrist 1995 kandis kool Viljandi Maagümnaasiumi nime. VMG oli olümpiaadide kool. Vabariigi tipptasemel oldi pikka aega eesti keele ja kirjanduse olümpiaadide tulemustega. Kunstiklassides töötati gruppides neli tundi nädalas. Aastal 2001 asutati kunstiklasside baasil VMG kunstistuudio ja neli aastat hiljem loodi selle alusel Viljandi Kunstikool.
Foto: Moesõu 2000
Koolis olid heatasemelised mudilas-, laste-, poiste-, neidude- ja noortekoorid. Osa võeti kõigist laste laulu- ja tantsupidudest. Tegutsesid erinevad ansamblid, 2010 alustati heategevusliku koolibändide konkursi BÄM korraldamisega. Edukalt esindasid kooli vabariiklikel võistlustel väitlejad ja kooliteatri näitlejad. 1997. aastal panid meie kooli õpetajad aluse üleriigilisele teatrifestivalile Sillad.
Kodulooteemaliste uurimistööde traditsioon koolis jätkus ja selle vaimseks hingeks oli õpetaja Tiiu Luik. Koolis hoogustus sel perioodil õppeotstarbeliste toimetiste ja trükiste väljaandmine.
Foto: Remondiga muudeti võimla klassiruumideks
Pärast põhjalikku kapitaalremonti 2008 – 2009 sai kogu kool parema ruumi-lahenduse ja uue sisustuse, majale lisandus kolmas korrus. Kool töötas neljas hoones: peahoones 6.–12. klass, väikeste majas 1.–5. klass, keeletunnid keeltemajas ja kehaline kasvatus 2004. aasta valminud võimlas.
2011/12. aastal õppis VMG-s 820 õpilast ja õpetas 71 õpetajat. Õppekavale vastavalt oli koolis kolm õppesuunda: humanitaar-, reaal- ja loodusõpe. VMG oli humanitaarse kallakuga, valikaineteks loovkirjutamine, meedia, kultuuri- ja usundilugu, õpetati vene, saksa, inglise, soome ja prantsuse keelt.
VMG lipu langetasid 21. juunil 2012 kell 17.45 kooli 72. lennu lõpetajad.
